小编近几天看到NM上的一篇文章研究的是永久冻土融化中的可移动遗传元件。发现用的方法是这个数据库于是分享一下数据库是2022年发表在《Nucleic Acids Res》的发表至今引用次数为104。proMGE允许探索分布在7.6万基因组中的240万个MGEs来自至少有2个基因组的物种这些基因组出现在proGenomes2数据库中。 在物种层面可以探索不同的MGE类别、其基因组位置、抗生素耐药携带潜力及其范围跨越更高分类层级的水平转移科及以上每个物种的HGT可视化由iTOL互动生命树提供。 此外对于整合子、IS元素和转座子还可以探讨它们是否嵌套在其他MGE类别中 在物种搜索结果中的“嵌套重组酶”标签下。MGE的识别与分类该数据库将原核生物的移动遗传元件MGE划分为以下 6 个类别IS element and Transposon (IS_Tn)即插入序列IS和转座子。其注释依据是基因组中存在转座酶特异性重组酶亚家族蛋白。Phage_like即类噬菌体元件。这类MGE仅包含噬菌体重组酶亚家族蛋白但在邻近区域不包含噬菌体结构基因。Conjugative elements (CE)即接合元件包括质粒和整合性接合元件ICEs。其注释依据是存在类型特异性的重组酶亚家族蛋白且邻近区域存在接合机制基因。Mobility island (MI)即可移动岛。这类基因组岛含有噬菌体和接合元件共有的重组酶亚家族蛋白但邻近区域既没有噬菌体结构基因也没有接合机制基因其方法是基于重组酶(recombinase)同源搜索无法覆盖游离质粒(plasmid)多样性, 因为质粒不一定携带重组酶短读长组装/分箱的系统性低估边界界定困难。注释功能annotate页面可以识别并分类序列中的MGE。通过该页面proMGE为用户提供的蛋白质序列提供了使用hmmsearchHMMER3.1b2的MGE注释功能 基于MGE类型特异性重组酶的注释。关于proGenomes v4提供超过 190 万条持续注释的细菌和古菌基因组包含约 80 亿个来自 30,000 多个物种的基因。对所包含的基因组采用严格的质量控制以便进行准确分析。基因组可以交互式探索和下载子集可以自定义例如分类类群、每个物种的代表或栖息地特异性子集。对于每个ANI物种簇都有预先计算好的全基因组数据。参考https://progenomes.embl.de/index.cgihttps://promge.embl.de/about.cgihttps://doi.org/10.1093/nar/gkac163